(罗契路线)
回到浮港后，由于之前杰洛特帮助罗契抓住了伊欧菲斯，浮港正在全城大庆，原来是浮港指挥官罗列多为杰洛特举办的庆功宴。但杰洛特却根本顾不上，而是来到旅馆寻找特莉丝，丹德里恩告诉杰洛特，特莉丝去找席儿了，俩人一同来到席儿的房间，却发现房间发生过打斗，特莉丝也不见了。通过一番调查，杰洛特得知席儿和科德温国的宫廷术士戴斯摩有联系。之后，杰洛特又找到了曾保护特莉丝的赛锥克，并从身负重伤的赛锥克口中得知，雷索果然绑架了特莉丝，并胁迫特莉丝一起传送到了庞塔尔山谷的上亚甸附近，赛锥克想要保护特莉丝，却被雷索打成重伤。临死前赛锥克告诉杰洛特，在亚甸有一处地方被黑魔法污染，有很多战死的人仍在战斗，如果解救他们的灵魂，会对杰洛特恢复记忆有很大好处。
赛锥克死后，丹德里恩和卓尔坦找到了杰洛特，丹德里恩告诉杰洛特，罗契似乎要对罗列多有所行动，而卓尔坦则告诉杰洛特，松鼠党准备去囚犯驳船解救伊欧菲斯，杰洛特衡量再三决定帮助罗契。
杰洛特找到罗契，并从罗契口中得知，罗列多身边的商人是科德温国的间谍，罗列多已经被间谍用一袋黄金收买，打算投靠科德温国。罗契决定抓捕间谍和罗列多，他打算让女助手薇丝冒充(女支)女混进罗列多宅邸，然后替杰洛特打开窗户，好让杰洛特趁机潜入进去。杰洛特午夜从后墙翻进了罗列多宅邸，遇到一位女人，她告诉杰洛特，罗列多正准备侵犯薇丝，让杰洛特赶快去救她。最终杰洛特拿干掉了罗列多救下了薇丝，同时救下的还有女精灵摩丽儿，她是被罗列多绑架的，并被罗列多XXOO至怀孕。就在他们准备逃离时，摩丽儿羊水破了，薇丝只好临时接生，杰洛特则拼命阻拦罗列多的手下，好在罗契也率领蓝衣铁卫赶来，最终取得了胜利，摩丽儿则在生下孩子后就自杀了。
杰洛特和罗契乘船前往庞塔尔山谷，科德温的国王亨赛特在此驻扎下了大军，准备进攻庞塔尔山谷的亚甸国区域的上亚甸。就在亨赛特领着他的宫廷术士戴斯摩与亚甸国的贵族秘密协商取得上亚甸时，亚甸国的屠龙女萨琪亚和史登尼斯王子赶来，双方展开谈判，不过最终谈判失败，双方大打出手。在拼斗最激烈的时刻，亨赛特杀死的一名牧师的血渗入了一块奇特的雕塑，瞬时间整片区域被迷雾包围，很多战灵涌出。萨琪亚和史登尼斯见状立刻逃走，亨赛特、戴斯摩、席儿则和战灵拼杀起来，在最危急的时刻，杰洛特和罗契赶到，戴斯摩施展法术将众人保护起来，杰洛特则掩护着大家回到了科德温的营地。
在科德温的营地，杰洛特看到了南方大国尼弗迦德国的大使希拉德，对话中希拉德提到了一个雕像，并对特莉丝非常感兴趣，杰洛特则对他出现在亨赛特的营帐外非常疑惑。
杰洛特和亨赛特达成协议，由于战争迷雾阻隔了亨赛特攻取上亚甸，所以杰洛特帮助解除战争迷雾，而亨赛特则让戴斯摩帮助寻找特莉丝，并帮杰洛特洗刷弑王罪名。在和亨赛特以及戴斯摩的交谈中，杰洛特得知在三年前的科德温和亚甸的战争中，科德温的女术士萨宾娜因战事不利，居然释放禁咒，将参战双方的将士全部烧死，随后她也被愤怒的亨赛特处死，临死前萨宾娜对亨赛特实施了血咒，所以此处才遗留下战争迷雾。要解决血咒，需要收集一些物品，在当年处死萨宾娜的地方，用这些物品召唤出她的灵魂，然后再将她杀死一次即可。
杰洛特费劲波折四处收集破解血咒的物品，好容易收集全了，然而这时他却看到罗契杀死了一些尼弗迦德的士兵。罗契告诉杰洛特，他发现这些尼弗迦德士兵非常紧张地张望着战争迷雾，就在他上前询问时，从战争迷雾中冲出一个女人(应该是菲丽芭的侍女，真实身份为尼弗迦德间谍的辛西娅)，而这个女人手里有一个和特莉丝一样的小雕像，然后尼弗迦德士兵突然向他发起攻击，他不得已杀死了他们，而那个女人则趁乱跑回了尼弗迦德营地。
杰洛特听完敏锐地感觉到那个雕像就是特莉丝，应该是中了化器封形(神器压缩)法术，于是他和罗契匆匆赶往尼弗迦德营地寻找那个女人。然而他们慢了一步，等他们赶到时，整个尼弗迦德营地已经空无一人，所有人都乘船离开了。好在罗契突然想到洛穆涅即将举办北方所有国王以及女术士协会的最高峰会，他们应该是带着特莉丝去洛穆涅了。
然而不解除战争迷雾，亨赛特是不会放杰洛特离开的，于是杰洛特只好指引着亨赛特破除了血咒。谁料晚上突然有人冒充瑞达尼亚使者刺杀亨赛特，好在杰洛特就在他身边，杀死了一名刺客救下了亨赛特，另一名刺客则落荒而逃。这时戴斯摩要求使用禁咒拷问死去的刺客，席儿坚决反对，亨赛特却同意了。
在戴斯摩施法后，杰洛特进入了刺客生前的记忆，从记忆里杰洛特发现了刺客藏身处，并发现这两个刺客和雷索是一伙的，而且席儿也曾和他们一伙，还有就是雷索也要去洛穆涅。从记忆出来后，杰洛特立即赶往刺客藏身处，然而逃走的那名刺客已被一只魔像打成重伤，杰洛特杀死魔像后，从刺客口中得知，是席儿招来的魔像，她想要杀人灭口。刺客临死前提到了狂猎，这让杰洛特记起自己曾在九头龙峡谷追踪狂猎。
经过千辛万苦杰洛特终于解除了战争迷雾，强大的魔力令杰洛特又恢复了一部分记忆：杰洛特为了救出叶奈法，一路追寻着狂猎的足迹，中途他从滑翔蜥蜴的尾巴下救出了古雷塔的雷索，雷索和他的两位同伴是来自于蝮蛇派的狩魔猎人，于是几人联手一起追踪狂猎。
科德温营地一直有人密谋反对亨赛特，经过杰洛特调查，发现隐藏在幕后的领导者居然是罗契。而紧跟着戴斯摩也查出了罗契，于是亨赛特设计杀死了罗契领导的蓝衣铁卫，并将薇丝XXOO。罗契出奇的愤怒，欲找亨赛特报仇，可因为阻隔亚甸和科德温的战争迷雾已经消散，亨赛特早已领兵去攻打弗坚了，于是罗契和杰洛特一起前往弗坚。
在弗坚菲丽芭的住处，杰洛特堵住了席儿，但席儿施法把自己传送到了洛穆涅。随后亨赛特又领了一队士兵围住了杰洛特，但令亨赛特没想到的是，本领高超的杰洛特居然把他这一队士兵全部杀死。被杰洛特制服的亨赛特，交待了他想要赶在洛穆涅高峰会之前占领上亚甸，以保证自己在高峰会上的话语权。急于复仇的罗契坚决要求杀死亨赛特，但杰洛特却是最终的决定者，又是两难抉择：杀或是放……
杰洛特和罗契赶到洛穆涅，发现烈焰蔷薇骑士团在看守城门。罗契告诉杰洛特，烈焰蔷薇骑士团现在正为瑞达尼亚服务，由于北方各国因国王遇刺和战争而元气大伤，现在只有瑞达尼亚国实力最强，所以瑞达尼亚国国王拉多维德率领烈焰蔷薇骑士团在维持洛穆涅的秩序。
俩人决定一起去见瑞达尼亚国国王拉多维德，以获取特莉丝和席儿的信息，拉多维德告诉杰洛特，南方大国尼弗迦德国正对北方各国虎视眈眈，所以北方各国现在一定要稳定，然而因为国王遇刺身亡，泰莫利亚国此刻正在被国内贵族们分裂。想要保证它的统一，只能寄希望于弗尔泰斯特国王的私生儿女，由于私生子鲍尔西已死，所以现在唯一能改变状况的就剩下私生女阿奈丝了，她现在正被戴斯摩囚禁，拉多维德要求杰洛特去救出她交给自己。
就在杰洛特和罗契急于了解鲍尔西和阿奈丝到底发生何事之时，正好遇到了罗契曾派给弗尔泰斯特私生子女的保姆，保姆告诉他们泰莫利亚国有叛徒，并提出如果杰洛特护送她到安全地方，她就告诉他们全部事情。在干掉了几波阻截的敌人，杰洛特安全把她护送到地方，她告诉杰洛特，之前她护送鲍尔西和阿奈丝的车队去洛穆涅参加高峰会，但是中途车队更改了路线，并且受到袭击，载着鲍尔西的马受惊跑进了森林，鲍尔西估计是遇害了，而阿奈丝则被抓走，然后保姆又交给杰洛特一封泰莫利亚国贵族金柏特命令车队变更路线的信。
经过杰洛特一番调查了解到，金柏特曾雇佣佣兵企图袭击鲍尔西和阿奈丝的车队，好趁机杀死他们，谁知另一位泰莫利亚国的贵族马拉维尔半道横插一杠，他伪造了一封金柏特命令车队变更路线的信，将车队引到了另一条路上，并袭击了车队，原来马拉维尔和尼弗迦德国有染，袭击造成鲍尔西死亡，而被抓的阿奈丝则被马拉维尔送给了戴斯摩。然后杰洛特会见了泰莫利亚国现在的摄政王纳塔利斯，这里可以选择揭露这两个人渣的所作所为。
杰洛特和罗契发生了争执，杰洛特想去尼弗迦德营地救特莉丝，罗契则认为泰莫利亚国的王位继承人阿奈丝更为重要，杰洛特又一次落入两难选择。如果选择去救特莉丝，希拉德会被杀死，泰莫利亚国分裂，罗契带着阿奈丝流亡;如果选择去救阿奈丝，戴斯摩最终会被杰洛特杀死，然后杰洛特还会面临另一个选择：将阿奈丝带给瑞达尼亚国国王拉多维德，这会导致瑞达尼亚国吞并泰莫利亚国;还是带给泰莫利亚国的摄政王纳塔利斯，这会令泰莫利亚国统一。
不管去救谁，杰洛特最终得知了事情的真相，在导致大量术士丧命的仙尼德岛大屠杀后，术士威信大幅降低，包括特莉丝在内的九名女术士组建了“女术士集会所”，不过由于特莉丝和杰洛特的亲密关系，特莉丝渐渐被集会所摒弃，以菲丽芭和席儿主导的集会所，企图在庞塔尔山谷建立一个由女术士控制的国家。席儿决定以亚甸国为突破口，所以联系了雷索刺杀了德马维国王，而菲丽芭则协助龙女萨琪亚，领导平民反抗军在庞塔尔山谷闹独立，试图建立新的国家，并利用记忆玫瑰控制萨琪亚，来达到她们控制新建国家的目的。
特莉丝则是在使用席儿千里镜时候，发现席儿和雷索有联系，随后她被雷索绑架并传送，由于是强行传送，特莉丝在施法时身负重伤，随后她逃往菲丽芭住处时，被尼弗迦德间谍辛西娅使用化器封形(神器压缩)法术变为了雕像，之后辛西娅穿过战争迷雾把特莉丝雕像带给了希拉德，而希拉德在特莉丝被恢复后，将特莉丝关押起来。
在术士高峰会，席儿刺杀国王的阴谋被最终戳穿，就在准备逮捕她之时，被控制的龙女萨琪亚变回巨龙救下了她，由于其他人被巨龙吐出的火焰隔开，杰洛特独自一人持剑冲了上去。席儿正准备传送，并告诉杰洛特，女术士集会所只下令刺杀亚甸国国王德马维，并没有下令刺杀泰莫利亚国国王弗尔泰斯特，之所以会这样，是因为雷索真正听命的是南方大国尼弗迦德国，尼弗迦德国国王恩希尔企图利用刺杀北方诸国国王，来造成北方各国内乱，他好趁机入侵北方，统一整个世界。
说完这些，席儿准备传送，却突然发现传送所需的钻石被人换了，这里杰洛特又面临着抉择：救席儿，或者看她被法术活活撕碎。如果你救下了席儿，她会告诉你去尼弗迦德国，在那儿可以找到叶奈法。
随后巨龙萨琪亚开始攻击杰洛特，杰洛特瞅准机会一剑刺入巨龙背部，巨龙吃痛带着杰洛特朝远处飞去，一番生死搏杀，摔落到地面的巨龙被一棵大树刺穿了胸膛。此时杰洛特又面临着抉择：杀死巨龙，还是默默离开。
返回洛穆涅，杰洛特得知雷索在等他。杰洛特前去与雷索会面，见到雷索后，杰洛特发现席儿传送的钻石是被雷索调换的。在与雷索的对话中，杰洛特恢复了最后一部分记忆：1270年冬至，狂猎停了下来，在吊刑吏之树这儿，从掳走的人群中挑选加入狂猎的人选，叶奈法也被选中。而杰洛特和雷索这时终于追上，并与狂猎大打出手，奈何狂猎的妖灵骑士太多，杰洛特无法取胜，无奈之下杰洛特只好与狂猎商定，用自己的灵魂换回叶奈法。
雷索告诉了杰洛特所有事情的真相：由于尼弗迦德国的狩魔猎人都是被放逐的，所以狩魔猎人们连城镇都不准许进入，然而国王恩希尔则告诉雷索，如果他肯听命与自己，就会在全国重建蝮蛇派狩魔猎人学院，于是雷索接受了他的命令，尽可能多杀死北方各国的国王，然后把责任推给女术士，以此来挑起北方各国动乱。
在杰洛特问到叶奈法的近况时，雷索告诉他，叶奈法被杰洛特交换回来后，也失忆了，并且性情大变，到处闯祸，雷索无奈只好领着她在各省之间游荡，直到被尼弗迦德的秘密警察头子瓦提尔抓住，雷索最终和恩希尔国王达成协议，帮他做事，而叶奈法则被尼弗迦德国严密看管了起来。
最后，杰洛特还要做出抉择，放过雷索还是与他决一死战，只是不管怎么样，这个世界的结局已经注定。经历了这么多，整个世界也不可避免的发生了一系列大变动，但最引人注目的还是庞塔尔山谷的上亚甸被科德温吞并，以及南方大国尼弗迦德全面入侵北方诸国，整个世界被战火笼罩。
【巫师2结束】
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