剛剛準備從87出來,便被閃雷擊暈.英克雷的autumn指揮官帶著兩名士兵把癱瘓的主角抓走,geck也被擄走.醒來已經是在英克雷的秘密基地.autumn色誘我說出密碼的時候,eden總統把他支開,說要和我“單獨談談”.來到二樓之前,autumn突然翻臉下令消滅我...一路清理敵人,2樓有一個加能量武器的大頭娃.來到總統的“辦公室”,沿著旋梯往上,正要開門,背後傳來聲音:“這呢在這!”一回頭...英克雷的大總統EDEN...居然是台電腦?他覺得autumn辦事不力,而且我知道淨水系統的密碼,把這個任務交給我...往水庫裏投毒,殺死所有的變種人...作為戰前美國政府預想到的計畫一部分,autumn對這個計畫是反對的.沒辦法只有把毒品罐收下.這裏可以用之前搜到的系統自爆密碼,或者口才,或者科學,讓eden關閉並啟動英克雷基地自爆程式.離開這裏,一路上的重型炮臺會幫你掃除敵人.
出門之後便發現fawkes在這裏等你了,他為答救命之恩,決定跟隨你.英克雷的飛鳥直升機呼嘯而過,回頭看隆隆聲中英克雷基地已化為一片廢墟.[成就20:The American Dream]回到兄弟會的基地複命.
來到總部的時候,lyons和她的父親正在爭論出擊奪回淨水站的事情,lyons說事不宜遲,打個出其不意.並且動用了兄弟會的終極殺器“榮耀“.我告訴他們英克雷已經不完整了/或者他們沒有密碼/或者交給他們毒罐子.lyons會給你嶄新的動力裝甲,收拾行裝!然後大家出動.
最後一個任務了沒什麼好說的,跟在大金剛後頭,不過不要跟的太近.金剛機器人咆哮著“民主沒商量,共產太落後”的口號一路發飆前行.到達目的地之後進到水站,打死幾個小兵,來到控制室.autumn拿著槍說你今天就是有來無回了!可以殺死他替父報仇,也可以選第二項讓他放棄然後放他走.來到控制室大門口,可以選自植入毒液與否.聽完王博士和lyons的對話,告訴她我會親自進去啟動淨水終端.來到正面的數位鍵盤,鍵入母親為我的祝福的聖經段落編號216然後回車......通關動畫出人意料的出現了[成就20:Take it Back!].
這次流程太短,地圖也太小...比上古不夠過癮.先寫到這告一段落,善良一支的主線任務大部分在此,其他的之後再補充吧!