小队存亡与任务成败都取决于指挥官
最高可六个小队成员同时出击，慎选队伍组成以及携带的装备！
当然有指挥官，你也必须要有听从命令并且准确执行的士兵才行。在《幽浮：内部敌人》中虽然主角是指挥官，但没了这些在前线拼命的士兵，地球恐怕早已被外星人给占领。与传统的RPG或战略游戏不同，你的士兵永远都只有一条命，如果在前线阵亡了那就没有办法挽回了。虽然可以招募不同的新兵进指挥总部，但玩家士兵的官阶与能力都是分开提升，通常一个指挥官都会有一个最喜爱的小组，但分散投资才是聪明的选择。因为你的小队可能会在上一个任务中受伤，导致下个任务无法出勤，这时候如果没有替补的小队人选，将会替任务加上许多不确定因素。
任务完成回报，将会告知指挥官士兵的情况，KIA代表任务中阵亡，而Wounded则是受伤必须休养。
要如何让过关结算时所有评价都拿到绝佳，就是要考验指挥官的能力了！
士兵在出过任务晋升之后，将会决定他们作战的喜好与风格，分为“突击”、“支援”、“狙击”与“重型”四种。“突击”风格的士兵善长近距离作战，可以移动后开火或者二次开火，在短距离内能够快速输出大量的伤害。“支援”兵则是可以强化医疗喷雾的功能，并且在选择技能之后可以获得超高的移动能力，在战场上也能用烟雾弹来遮蔽敌人视线，能够迅速的在战场就位提供医疗或者适当的援助。“狙击”的能力很受限，移动后不能开火也不能进入警戒状态，但长距离的射程与超优秀的伤害力，让这类型的士兵成为队伍中最具威胁性的人物。“重型”士兵则是使用重机枪，善长火力压制与使用爆裂物，爆裂物威力很强又可以轰倒敌人的掩体，但爆裂物同时也会摧毁敌军身上的资源导致无法回收部份素材。真正优秀的指挥官将会依照自己小队组成的成员，来决定自己任务的执行方式。
不同类型的士兵都会有不同的技能，记得要慎选适合自己指挥方式的能力！
除了这些特色之外，每个士兵玩家也可以进行自订外观，从种族、语言及语音、护甲外观与颜色等，众多的自订要素以及各式各样风格的士兵，让每一个XCOM的指挥官都有不同的指挥风格与小队成员。
可以依照玩家喜好来自订士兵，这些自订选项并不会影响任何能力
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