第二章
“海豚”把杰弗逊将军负伤的事通知了普莱斯，普莱斯决定先去美国帮助“海豚”调查。他们一回到美国，就打扮成美国三角洲部队成员偷袭了总统特工队（此时需玩家扮演“水杉”完成任务）。普莱斯等人捉出了参与事件的四人，可惜四人都自杀了。刺杀行动到底是马歇尔指使还是他们自己做出来的？所有线索都断了，但普莱斯和“海豚”都认为是马歇尔指使的。此后马歇尔却百思不得其解：究竟是谁调动三角洲部队袭击了总统特工队？杰弗逊当然不可能，于是他把目标锁定了另一个积极反对侵俄的将军──美军陆军副司令罗宾逊。马歇尔立即电令陆军司令雷诺斯，让他处理掉罗宾逊。不料这一电报被“海豚”截取，并成功破译。普莱斯立即率SCH突击队前往救出罗宾逊（此时需玩家扮演“水杉”完成任务）。不料SCH突击队与雷诺斯的手下在途中相遇，双方在公路上激战。最后虽然损失了六名弟兄，却成功甩掉了雷诺斯的手下，把罗宾逊救到了尼古莱的直升机上。
罗宾逊向普莱斯等人说，刺杀总统事件当天他去白宫作汇报，刺杀事件发生前十分钟时他向卫兵询问马歇尔在哪，他们说在总统办公室。可五分钟之后他再问卫兵时，卫兵却说他已经离开了办公室。罗宾逊对此深为怀疑，因此反对马歇尔贸然侵俄。普莱斯顿时明白了，可是美国民众不会明白的，只有让他们知道马歇尔在做什么民众们才会反对马歇尔。
这时传来喜讯：杰弗逊将军伤势恢复很好，再过一个月就可重返部队。马歇尔也感到了压力，因为在过去的几天里，伊朗等亲俄国家纷纷对美宣战，美国本土每天也要遭到轰炸，如果此时杰弗逊率领他手下的十几万部队叛变，那么他自己就性命不保了。于是马歇尔决定先发制人，电令雷诺斯消灭杰弗逊的属下。不料此次电报又被“海豚”截取，但是密码有所改动。普莱斯就率SCH突击队前往中央情报局总部窃取密码（此时需玩家扮演“水杉”完成任务）。虽然中途遭遇拦截，但他们仍成功窃取了密码，并及时发给了“海豚”。海豚破译电报后，得知雷诺斯将出动二十万人于三天后奇袭杰弗逊的嫡系部队──第九军、第三十一军、第三十二军和东海岸第一守备军。如今想要避免美国内战的唯一途径就是刺杀雷诺斯，于是“海豚”告知普莱斯雷诺斯的位置，命令普莱斯去刺杀他。普莱斯立即率领SCH突击队前往刺杀雷诺斯（此时需玩家扮演“水杉”完成任务）。当普莱斯等人抓住了雷诺斯之后，“海豚”要求普莱斯杀了雷诺斯之后继续把事情调查明白，普莱斯则劝“海豚”不要再调查了，要把杰弗逊将军请出来主持大局，率领四个军约十五万人造反。“海豚”无奈之下向杰弗逊申请，同时汇报了调查结果。杰弗逊也想明白了，于是他承诺：只要彻底搞清楚事情的缘由，他就起兵造反。这时雷诺斯在严刑拷打下，交待了马歇尔谋划刺杀事件相关材料的所在地。于是普莱斯等人再次出动，搞到了一份马歇尔写给总统特工队队长的信（这时需玩家扮演“水杉”完成任务），彻底揭露了马歇尔的阴谋。当天杰弗逊就坐在轮椅上召开了新闻发布会，向全世界的人揭露了马歇尔的阴谋。第二天，华盛顿的全体市民自发地围住白宫，要求马歇尔出面解释。当时马歇尔已经从地下密道逃出，准备乘直升机逃往一个纽约的地下暗堡。普莱斯等人已经知晓，但来不及告知杰弗逊了，于是他们搭乘尼古莱的直升机赶紧前往刺杀马歇尔（此时需玩家扮演“水杉”完成任务）。可惜，被杀的只是替身，马歇尔本人已经抵达纽约。新闻发布会后第三天早上，杰弗逊将军坐在轮椅上前往第九军驻地，率领第九军三万多士兵造反（此时需玩家扮演杰弗逊将军参加誓师大会）。接着，第三十一军、第三十二军和东海岸第一守备军纷纷造反，四个军约十五万人在杰弗逊的指挥下兵锋直指纽约。此前，美国在俄罗斯的部队也因指挥系统瘫痪而战败。俄军与杰弗逊的部队结成同盟，共同对抗马歇尔。
第三章
在杰弗逊将军挥师北上时，马歇尔正进行着他最邪恶的计划：利用超级武器，毁灭俄罗斯和杰弗逊的部队，让美国真正统治全世界。在一天之内，马歇尔掌握的军火工厂就生产了十枚次声波弹头。而十枚次声弹头中，有五枚已经安装在导弹上，另外五枚正在输送当中。形势万分紧急，杰弗逊决定将SCH突击队兵分两路：一路是由普莱斯率领的，主要负责占领导弹发射场；另一路是由“海豚”率领的，主要负责袭击铁路，阻止另外五枚弹头的运输。（此时玩家需扮演“水杉”跟随普莱斯完成任务）虽然普莱斯得手，可“海豚”的部队却因火车改为运往另一导弹发射场而没有拦截到火车。普莱斯得知，乘直升机追上火车，并成功将火车头与车厢分离（此时需玩家扮演“水杉”完成任务）。次声武器危机终于解决。
杰弗逊将军的伤此时已经痊愈。然而北上的行动却困难重重。在前往华盛顿的征途上，杰弗逊将军乘坐“雷霆”号巨型轰炸机一边指挥作战，一边为北上部队提供火力支援（此时需玩家扮演杰弗逊将军完成任务）。最终，北上大军兵临华盛顿城下。
该是找马歇尔算总账的时候了！普莱斯、“水杉”、“海豚”三人率领SCH突击队秘密前往纽约的地下暗堡，执行刺杀马歇尔的行动（此时需玩家扮演“水杉”完成任务）。当他们杀入马歇尔的办公室时，这里已经人去楼空了。普莱斯在计算机里得知了马歇尔已经前往旧金山。
此时杰弗逊将军开始着手进攻华盛顿（此时玩家需扮演杰弗逊将军完成任务）。杰弗逊将军身先士卒，率领部队与华盛顿民众里应外合，攻占了华盛顿。杰弗逊下令必须将战犯马歇尔绳之以法，于是普莱斯等人前往旧金山。（此时需玩家扮演“水杉”完成任务）在进攻马歇尔的藏身地点时，SCH突击队的十余名队员多数阵亡，只剩下普莱斯、“水杉”和“海豚”三人。当三人冲进马歇尔的办公室时，才得知这老狐狸已经在乘坐一艘驱逐舰逃跑了。十几个弟兄的血不能白流！三人决定拼死也要杀了马歇尔。（此时需玩家扮演“水杉”完成任务）三人迅速赶到码头，乘坐一艘快艇追击马歇尔。很快，三人追上了那艘驱逐舰，普莱斯用挂钩的绳索扒住船的栏杆，在“水杉”和“海豚”的掩护下登上了驱逐舰，而后“水杉”和“海豚”也登上了驱逐舰。三人一路直取马歇尔，在房间中他们找到了马歇尔。马歇尔无路可逃，于是他开启了船体自爆系统，打算与三人同归于尽。虽然“水杉”立即处决了马歇尔，可是“海豚”却被炸伤。三人在船要沉的时候迅速返回到快艇上，切断了绳索。“水杉”驾驶快艇返回海岸。在岸上，尼古莱的直升机已经在等他们了。最终三人安全逃脱。
不久，杰弗逊当选为美国总统，被美国人誉为“第二国父”。然而，美国内战还没有结束。以美国前任副总统、马歇尔的爪牙贝尔纳为首的几十万美军正在美国西部枕戈待旦，准备与杰弗逊的部队决一死战。
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