利用电脑终端机载入“学院转送机瞄准程序”，将普雷斯敦、司特吉等人传送过来。
接下来的流程和钢铁兄弟会路线大致相同，不过为了攻略的完整，还是写在这里吧。
和普雷斯敦•加维交谈，从他手上拿到核融合脉冲炸弹，然后带着大家沿走廊前行。
前面会遭遇大量合成年人的阻击，墙上的终端机可以关闭炮塔，减少抵抗的火力。有些炮塔关不掉的，主角优先摧毁，由助手去压制合成年人。
来到这里，用墙上的终端机激活一只铁卫兵机器人，它和车间里的合成年人自相残杀。让助手们待命，等所有的合成年人挂掉，再去击杀弱血的铁卫兵。
由车间末端的舱门跳落到下一层，穿过维护通道，推门进至学院生命科学部门。
在大厅展开激烈的战斗，敌人还有机率释放合成大猩猩，速度迅猛，比较难缠。
来到外部庭院清理掉所有的合成年人，司特吉找到了反应炉的位置，可以由先进系统部门穿行到那边，只是这里所有的大门都是紧锁的，目前没有办法进去。
只有将保安系统切换成手动控制，才能打开这道大门。
此时庭院的中心激活一道电梯，乘着它前往地下。换乘另一部电梯抵达居所，在卧室里见到须发苍白的尚恩，如今躺在床上奄奄待毙。
如果魅力够高，此时可说服他帮助主角，他说出一个密码，旁边的终端机可使一部分的合成年人停机。
访问终端机，里面有三个选项，选择“主保全封锁手动控制”完成任务目标，而“合成年人关机”选项可令沿途的合成年人停止运作，减少抵抗。选择“参与疏散协定BD-2”完成义勇兵路线的一个可选目标。
回去不能乘电梯了，而是由尚恩的房间出去，直接走旋转楼梯上行。穿过玻璃通道，可以看到一些呆若木鸡的合成年人，他们都被关机了。
沿着旋转楼梯下行，返回到庭院和伙伴们一起清理合成年人，一起进入先进系统的大门。消灭出现的合成年人，进入反应炉车间。
往右边是一条维护通道，左侧墙上有三只炮塔，逐只摧毁再前进。
控制室里有台终端机，解开它的话可以启动辐射净化系统，减少辐射量。同时还可以关闭炮塔。
随后进入车间消灭科学家和合成年人。
登上平台打开反应炉的大门，将核脉冲炸弹放置到里面。然后和普雷斯敦交谈，诸人被司特吉传送出去。
回到司特吉这边的房间，一个自称是尚恩的小男孩称呼主角为妈妈(爸爸)，他真是尚恩还是合成年人呢?此时可选择带走他或者拒绝。
用传送机来到远处的建筑天台，主角按下了引爆器的按钮。轰隆一声巨响，火光烛天，整座学院化为废墟，连同它的逆天科技。
结局动画
我能感觉到一切向我袭来，热浪、震波、辐射……恐惧。
世界末日再度降临了，我闭上双眼，看见在这一切之前，核弹落下前的人生。
什么事都可能在转瞬间风云变色，你所规划的未来也会瞬间变样，无论你是否做好准备。人的一生中，总是会碰到这种事。
这不是我想要的世界，但我身陷其中。联邦，我的家园，分分合合。我以为，我希望……我能再次找到家人，骗过时光，再次团圆，回到从前的样子。
现在我明白了，我明白世界已经变了，前方的路将会困难险阻。我已做好准备，因为我了解战争。
战争永远不变。
终于铲除了学院势力，普雷斯敦终于吁了口气。学院是义勇兵所遇到最大的威胁，但现在还有许多的问题亟待解决。
如果丹斯招募在身边的话，他会发表一番感言，主角的所作所为给世界带来深远的影响，必将成为历史的一部分。
任务完成，义勇兵路线的任务至此结束。
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