时机与堆栈在万智牌的规则中，属于比较复杂的一部分。其中时机主要是用来避免游戏陷入“先说先赢”这种不逻辑的情况。它规定一位牌手在游戏中有权利使用牌或启动式异能的时间点，比较正式的讲法是“牌手必须拥有‘优先权’才能使用牌或启动式异能”。这个权力大都保持在主动牌手(回合的主人)手上[10]，而对手牌手只有在下列时间点能获得优先权，在非自己的回合施展瞬间或异能。
对手牌手的触发式异能被触发并放上堆栈后，对手牌手就获得优先权，能立刻在该触发式异能上叠上更多的咒语或异能。
主动牌手想结算堆栈上的咒语或异能，询问对手牌手是否回应时，对手牌手就获得优先权。
进入下一个阶段或步骤前，主动牌手必须询问对手牌手是否回应，此时对手牌手就获得优先权。
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堆栈(The stack)
万智牌的特色之一，在于绝大多数的牌或异能在使用后不会立刻生效，并且放入一块称为“堆栈”的区域[11]。被放入堆栈的牌被称为咒语。牌手想让堆栈上的咒语或异能生效(正式的讲法“结算”)的话，必须先询问所有的对手是否回应，若所有对手都选择不回应或无法回应，咒语或异能才会结算并产生效果。若对手选择回应，他必须施放另一张瞬间牌[12]或是异能，之后换他询问所有的对手是否回应，若所有对手都不回应，他回应的咒语或异能会先进行结算。这让游戏充满了以【回应对手，后发先至】产生的种种变化。
堆栈的特色如下：
后发先至，比较晚放上堆栈的咒文或异能先结算。
每结算完一个咒文或异能，会立刻对游戏状况进行检查，例如被消灭的生物立刻移入坟场，生命值降到0的牌手马上输掉游戏。
每结算完一个咒文或异能，必须再询问一次所有牌手是否回应，才能继续往下结算。
一位牌手，只要付得起花费，能连续将咒文或异能放入堆栈，其他牌手不能要求回应来插队，但结算时必须每个咒文依序分别询问对手是否回应。
放地牌进战场、静止式异能和魔法力异能直接生效，不用放入堆栈。
堆栈必须清空，游戏才能进入下一个阶段或步骤。
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范例
张三和老王在玩万智牌。张三使用一只2/2生物A攻击老王，老王没有阻挡。如果游戏继续下去，老王会受到攻击，损失2点生命。
这时老王横置一张山脉，以一点红色魔法力对生物A施展瞬间牌“电震”(目标生物或牌手受两点伤害)，放上堆栈。顺利结算的话，生物A会在打伤老王前死去。
张三回应了，他横置一张树林，以一点绿色魔法力对生物A施展瞬间牌“变巨术”(目标生物得+3/+3)，放上堆栈。假如这时结算，生物A先成为5/5生物后再受两点伤害，老王会被5/5(受两点伤)的生物A夺去5点生命。
可惜老王又横置一张山脉，对生物A施展第二张“电震”，放上堆栈，而张三手上没牌可用，无法再回应老王了。最后，堆栈上的咒语由上而下为第二张“电震”、 “变巨术”、第一张“电震”。开始结算，第二张“电震”对生物A造成两点伤害，生物A死去。接着“变巨术”和第一张“电震”都失去目标，被规则反击(没有生效)。老王没有受到任何伤害。
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反击(Countering)
反击咒语〈或异能〉允许牌手去反击其他的咒语〈或异能〉，让它不能生效。这种咒语必须在目标咒语还在堆栈上时施放。如果一个咒语被反击了，那它会在反击咒语结算的同时，从堆栈被移入其拥有者的坟墓场。被反击的咒语并没有结算，所以该牌除了进入坟墓场外没有任何效果。此外，对于写明“不能被反击”的牌，反击咒语一样能以它们为目标，但反击咒语结算时反击不生效，它们会继续留在堆栈里。
还有另一种方法能反击咒语〈或异能〉。如果咒语是一个需要目标的咒语，那它的目标在施放时和结算时都必须是合法的：一个没有合法目标的咒语不能被施放;如果目标在咒语要结算时已经变成不合法的，此咒语将被游戏规则“反击”，不会被结算。例如：某张瞬间A的效果是消灭目标力量小于3的生物，牌手甲施放它，指定目标是力量只有1的生物B。但牌手乙回应了“变巨术”，让生物B的力量增加3。最后在瞬间A结算时，生物B的力量为4，不符合瞬间A的目标条件(不合法)，瞬间 A被规则反击。这种反击方式对写明“不能被反击”的牌一样有效。
对一个需要指定复数目标的咒语，必须在所有目标都是合法的情况下才能施放，且所有目标都变成不合法后才会被规则反击。
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