暗影特务的性质不只是在于战技的高强杰出，并且必须拥有足以信任的心理状态，尤其是在对于命令不计代价完成的使命感，甚至是必须背负着捨弃道德认知的恐惧。暗影特务是在危机前线的最后一道防火牆，他们战功辉煌却不为人知，因为他们背负着太多的秘密，使得他们也成为了秘密的一部分。
(生化武器危机，正清楚描述着特务不为人知，秘密的清理工作)
承接着暗影特务的性质，危机爆发的最前线，局长辛克莱所恐惧但也由衷期盼的事物终于出现。新赫尔盖斯特内部的叛乱份子“漆黑之手”抱持着极端主义并且宣扬不惜一切向贝克达宣战的狂妄，以血洗换取大地灭绝的复仇。
辛克莱局长看着首都遭到恐怖攻击破坏，他严肃的看待着：「这是他们在向我们考验，考验我们的作为与力量。」
辛克莱等待着的也是同样的一股极端与理想并济的意识，没有赫尔盖斯特的世界。在前次任务中下落未明的生化兵器基因炸弹，正是辛克莱期盼已久用以对付赫尔盖斯特威胁的王牌，只不过这项武器已被窃取夺走，双方的谍战与算计正如火如荼的展开着。但此赛局中并不只有檯面上所见的各方玩家。
漆黑之手的恐怖攻击与动盪事件使得贝克达陷入的极度的政治危机，为了反应威胁而升高备战状态，此举并直接威胁源头新赫尔盖斯特将如何应对。
然而暗影特务的首要任务则是先擒杀恐怖攻击首脑，此首脑在溷乱局面中躲回新赫尔盖斯特地底下的老巢─货柜城。此地也正是一窥新赫尔盖斯特不为人知的阴暗角落。
故事的本质并不止于暗影特务的内容，也关係着他的工作，他所接触的总总事务。在消息封闭的钳制世界中，暗影特务所见的即为最真实的阴影。
货柜城原本仅是新赫尔盖斯特建立的物流中心，但在贝克达星各地不断涌入的难民潮中，货柜城这阴暗、无人管辖的角落，成为了这群无依无靠的低阶份子躲避风雨的唯一落脚处。然而极端刻苦的环境也成了点燃极端主义份子的巢穴。在那裡不乏衣食匮乏的社会低层份子，期望生存下去而被迫加入恐怖集团，以及另一群看透这一切阴影，仇视着地上的光明而点燃满腔的怒火。
提伦则是这一批恐部份子的首脑与领袖，他揭竿而起，痛恨摧毁赫尔盖星球(大地灭绝)的贝克达的所有人，他的出生成谜，他展现着强悍的气势控制着新赫尔盖斯特的地下黑城。而暗影特务如今得深入险境一窥贝克达所不知的另一处阴影。
虽人们会对社会底层的遭遇感到怜悯与惋惜，但造就他们的悲惨境遇却是巨大的社会枷锁，悲剧的连锁就像仇恨的连锁，难斩断且难预料。
在这刺杀任务的终点，等待的不是事件的落幕，而是下一个急转直下的噩耗。
提伦遭到剷除，但暗影特务却深陷敌阵动弹不得，然而更致命的则是幕后黑手的现身─史塔克。
这位人物是历经前代故事至本作故事中的联繫人物，游玩过前作的玩家一定对他不陌生。
史塔克原为赫尔盖斯特军火製造主席身分，实际上是极端主义份子，曾企图将后来引发大地灭绝的武器使用在自己的全面攻击(目标，地球)的计画之中，后在一场向赫尔盖斯特军方发动的政变中突遭ISA残军袭击使之计画付诸流水，大规模毁灭武器的自爆造成了后记中所谓的“大地灭绝”。
后消失于历史三十年，生死一直成谜。
转变，则是凯兰对于自己的生命，甚至对于自己的勇气与意志所做出最大的奋斗。这部分分成两个面向，一个是理解所谓的战争，并非人人渴望。另一个则是向民族的过错感到痛苦，使之扭转了自身的价值观与判断力。
首先被拘捕、遭到刑求拷问并且深陷牢狱的凯蓝，被不知名人士救出，这一段逃狱风云没有来的时候风光强悍，更多的是躲避、伏击，利用死角穿梭或是利用场地击倒敌军。
这位原先变音的救援者却是单独一人，她是新赫尔盖斯特的特务“回音”，但她却不是听命行事的兵器，她以自身的价值观判断是非，追求的是民族的和平而非下一场灾祸的争端与战事。比较起当下的凯蓝有着极大的反差。
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