六个月后，老头驾着马车带主角前往波士顿，并且给主角取名Connor。此时的波士顿处于圣殿骑士的统治之下，非常混乱。Achilles让Connor去杂货店购买自己给出的清单上的东西，只需要告诉老板马车的位置就够了，找到杂货店与老板交谈后回去找老头子。此时街上的游/和谐/行活动变得非常剧烈，军队与市民的冲突变得强烈。Achilles带着Connor来到广*场，见到了已经成为圣殿骑士领导人的父亲Kenway，老头子命令Connor追踪刚与Kenway交谈的士兵，如果士兵消失在视野15秒将任务失败，一路都是情绪非常激动的市民，非常好掩饰自己。跟随士兵到了房顶，原来Kenway刚刚下令使用武力镇压示*威活动，刺杀掉下令的士兵，可是却没有料到一切早被Kenway看在眼里，血腥镇*压照常进行，Kenway命令手下将Connor击杀。此时Connor处于会被攻击的三级状态，需要避开所有士兵的视线，躲过一段时间后才会消除。在警报消除后，Connor在城市里寻找Achilles，此时他处于被通缉的状态，被士兵发现仍会被攻击。避开士兵来到之前马车位置，发现Achilles已经离开了，Samuel Adams前来与Connor交谈，他受Achilles委托协助Connor逃离波士顿，全城都有Connor的通缉令，但是在这个人与人之间不存在互相帮助的城市，只要撕掉就没几个人记得住。撕掉两张自己的通缉令后，找到Adams，会介绍认识城市中的传言散播者，以后在非红色区域被攻击都可以通过给钱的方式消除追踪。Adams要求Connor护送自己到绿龙旅馆。旅馆已经被英军封锁，在任意一入口先从高处寻找刺杀点，消灭掉一个再迅速打倒另外一个守卫，之后呼唤Adams进入，在墙壁中找到暗道，在暗道尽头撬开门锁，到达地下通道的一处出口，此后当碰到带有地下通道标识的建筑，便能触摸后选择城市自由来往了。离开地下通道，在打印店找Adams，Adams告诉主角如果被追杀的太紧进入附近的打印店便可大幅度降低曝光程度。最后，Adams将主角带到码头，告诉主角最后一种快速移动的方式--轮船。Connor对Adams所做的一切非常感激。
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