时光倒流，在本作开始前200年，一支霸主殖民地武装（以下简称SCAF）特遣舰队从内战中抽身悄然来到了人类所能到达的最远行星T—沃兰提斯。这其实也是出于SC的无奈选择，SC在内战中已经渐渐露出败势迫切想找出无限能源来挽回败局，于是用以前复制的三个红色信标定位发现了这里。然后重用以塞拉诺为首的一群以造福人类为出发点的科学家们开始了对这个所谓的“神印家园”的科考。
在正文开始前让我们先认识一下SCAF特遣舰队中的主要人物，他们的存在都或多或少地影响了舰队的命运甚至在200年后仍干预了我们英勇神武的宇宙第一工程师艾萨克。
塞拉诺教授：只要是跨越时代的电影、小说或者是游戏，几乎都有一个强到爆炸但却没有主角光环保护的悲剧角色来跨越时光给真正的主角指路，而塞拉诺博士正是其中之一。他从一开始就怀着造福全人类的热忱投入了研究。他抵抗着神印和“卫星”的双重影响通过多方面的调查研究一步步走向真相，从通过“纽带”的神经脉冲找到“远古机器”的所在，再到通过唯一一只存活的正常罗塞塔发现“远古机器”的真实用途以及“卫星”的真面目。然而在临门一脚时却被同属SCAF势力的保守派马哈德少将干扰郁郁而终，但他留下的大量线索给了艾萨克宝贵的指引，最终让后者超越自己达成了自己200年前的愿望。
马哈德少将：特遣舰队二把手，典型的职业军人，重视效率和忠诚胜于一切。于是就有了把完全不被人接受的163死神部队带在身边的奇怪行为，在自己的上司舰队司令官格拉弗斯发疯后掌握了舰队的实权。
由于对此次行动一开始就抱不满态度外加和塞拉诺性格不合，他一直在给后者找麻烦。后来还背着对方向殖民地议会提议通过第5号预案用于抹煞一切，最终让教授的计划破产。但他并不是胆小鬼，最后通过了结自己的生命来完成了第5号预案。但他所做的只是把末日推迟了200年，将这个烂摊子留给了艾萨克，并且间接导致了SC退出人类历史舞台。
司令官格拉弗斯：特遣舰队的一把手，塞拉诺的支持者。可惜她在抵达T—沃兰提斯后不久就在神印和“卫星”的影响下发疯，其后继者马哈德少将最终破坏了塞拉诺的计划。而她的疯言疯语也误导了艾萨克让他在很长一段时间内都想着TURN IT OFF，去关掉所谓的麻烦源头——“远古机器”。
拉姆利军士长：舰队地面部队补给站站长。咋一看，他只是个在文档和语音中被提到的小人物，然而却因为掌握着所有地面部队的给养和留下了唯一的时间记录而成了在历史上留名的重要人物。他在跟坠落的富兰克林号穿梭机上的那些被神印和“卫星”影响的士兵接触后最终发疯，毁掉所有补给后成了以尸变体为食的活尸（2代娃娃怪的瘦小版），是行星上出现活尸的罪魁祸首，最后多半死在探索补给站的艾萨克的枪口下。
提姆*考夫曼：列兵，路人甲。据在军械库支线的资料来看，他应该是其中的一名守卫。在接到塞拉诺教授绝望的请求后作为为数不多的几个正常人毅然帮忙寻找密匙，在昙花一现的上佳表现后最终被为完成第5号预案的马哈德少将所杀，让教授郁郁而终。
山姆*阿克曼：列兵，路人乙。据资料显示，他是行星上的中继站中唯一一个拒绝食用尸变体而幸存下来的正常人，而他躲开身边众多前战友的技能也给了艾萨克宝贵的提示。在接到塞拉诺的请求后他毅然和提姆并肩作战，最终双双身亡，把担子留给了200年后的艾萨克。（此人很悲惨，不能联机又不看序章简介的玩家多半会忽视他的存在，只把他当做语音文档里的一个路人。）
SCAF：本作新出现的已灭亡势力的武装部队。通过资料推测，霸主殖民地并不是行星上的那个废弃基地（5号预案的目的就是保护霸主殖民地和人类），而是在其他地方的一个以一只白色雄鹰为象征，势力强大到可以越俎代庖取代地球作为人类统治者的大型殖民地势力。不过在200年前，内忧外患之下面对分裂份子（后来的地球政府）的内战和此次远征失败的双重打击最终退出了历史舞台。
特遣舰队作为当事人虽然只是在序章中昙花一现，但根据军士长拉姆利的记录和序章一开始显示的时间却可以发现SCAF已经在T—沃兰提斯呆了近3年。拉姆利在2311年8月29日的记录中提到初始降落区已经建好了，富兰克林号（已坠毁导致补给站灭亡）和克罗吉亚号（艾克萨一行用来抢滩）带着挖掘队跟科研人员登陆行星，说明第一批人员到来的时间还要靠前。而序章中提姆和山姆出场的时间是2314年6月18日，特遣舰队就在没有外援又自身麻烦不断情况下苦撑了3年。
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