第二天早晨，爱德华与总督会面的时候，碰巧遇到斯蒂德，斯蒂德不小心呼喊了爱德华的原名，引起了总督的怀疑，爱德华虽然用借口掩饰过去，但不免引起总督的些许怀疑。不过正事要紧，见到了名为罗伯兹的圣者，但他拒绝告诉圣殿骑士&ldquo观测所＂的地址。托勒斯让人将其带回自己的住宅，路上，兄弟会的人来袭击，企图救走圣者。在圣者的血量掉至０之前把全部刺客击杀（完美达成条件：在战斗中使用火枪），罗伯兹趁乱逃跑，爱德华去追捕他（完美达成条件是从高处将其按倒在地），这一代的追逐比３代简单多了，只要把握好他逃跑的方向抄近路即可，因为路线太单一，画图也根本没必要。
托勒斯赏了爱德华1000里亚尔，这让爱德华非常恼火，斯蒂德安慰他吝啬鬼这个世界上到处都是，不要把这种人放在心上，就当吃一堑长一智。不过爱德华咽不下去这口气，从知道了&ldquo观测所&rdquo的事后，爱德华觉得那件能够窥探人心灵的道具一定可以卖到非常多的钱。斯蒂德完全不相信世界上会有这种仪器，但是爱德华还是决定先和圣者谈谈。
接下来是潜入总督府的牢房（完美达成：不触发警报的战斗；隐藏草丛中击杀3名敌人。）这一代的击杀其实比3代简单很多，有时候吹口哨，前几关敌人还不一定会过来查看，但是有一招一定可以引过来，就是你站起来看他一眼，守卫头上出现红圈但是没有满的状态的时候，迅速躲回草里。等他们过来查看的时候一个个把他们暗杀掉。
另外还有一种，就是雇佣海贼帮忙杀人，海贼是不会触发警报的，而且海贼在砍人的时候玩家会被无视掉，这样的状态也属于&ldquo暗杀&rdquo。
玩家用鹰眼找出牢房钥匙所在守卫位置，就是台阶上第一个巡逻的，在台阶下吹口哨可以将其吸引过来暗杀掉，再从右侧台阶绕上去把门口的士兵偷偷杀光，进入牢房后发现圣者已经不在了。而且此时托勒斯和他的手下刚好赶到，圣者不知道被何人救走了，而爱德华的身份也已经暴露，被恼羞成怒的托勒斯准备和被抓住的海贼一起运往西维尔做奴隶。反抗不敌众人的爱德华被打晕，丢进了奴隶船。
在梦中，爱德华想起了自己被爱人的父亲羞辱的日子。他总是被人瞧不起，因此养成了对钱的极端渴望。
从梦中醒来，爱德华明白了自己不能沉沦下去。与身边的黑人打招呼，二人配合下脱离了钢索的束缚。一开始是没有武器的，只有赤手空拳无法打败拿剑的守卫，只能通过在门背后吹口哨骗过来暗杀的技巧，黑人也很擅长此道。执行三次暗杀也是完成任务的完美达成条件。
取回了武器，接下来是去解救三条船上的全部海贼（第三艘船的海贼被关在甲板之下），然后杀掉运输船队的队长，获得船队的控制权。爱德华如愿以偿地当上了海贼船的船长。然后是开船前往海贼巢穴&mdash&mdash拿索。会有护卫舰对玩家进行攻击，这时候先不用管它们，把风帆拉开，全速前进很快就能脱离舰队的袭击。海上最可怕的敌人是风暴，海龙卷可以远远看到，也可以比较容易躲掉；而疯狗浪袭来的时候，玩家如果不是用船头面对着浪潮，就会被彻底卷入深海，保持船头与浪垂直是唯一的存活方法。
第二章
避开了风浪，但是离到达拿索还有很长一段时间的路程。与爱德华一同被抓起来的黑人受命成为军需官，就是爱德华的副手。他对爱德华说到拿索的话，食物和水都不够了，需要去附近的岛屿补充。靠近岛屿的时候，连续按B键把船速降为0，然后按住B键可以离开船舵，跳下船到岛上。任务更新，为猎杀2只山猫和2只鬣蜥并取他们的肉和皮，即开启狩猎教程。山猫和鬣蜥的平地跑步速度都比爱德华快，比较方便的是在比较远的地方就按住LT瞄准，再用RT射击，初始火枪要两枪才可以杀死猎物。然后去剥去他们的皮毛，任务更新，开启升级选项，按键进入主面板，选择爱德华升级，把&ldquo手枪皮套II&ldquo和&ldquo生命升级I&rdquo点出来。回到船上与黑人阿德瓦勒对话，继续航往拿索。
在拿索的岸边，玩家靠近码头的时候放慢速度，就可以长按Ｂ键将船停泊至码头。刚入拿索，就看到两个不良中年在气势汹汹地和人吵架。原来两个都是爱德华的熟人，爱德华让阿德瓦勒把船停好，先下船和自己一起去&ldquo老艾莉酒馆&rdquo与见老朋友。在酒馆，得知爱德华要组建自己的海贼团，让爱德华先去募集船员。在航海的时候，船的血条下方显示的就是船员数目，初始的寒鸦号只能携带15名船员。
对话结束，玩家可以按Back键打开地图，可以看到【拯救海贼】标志的区域，去完成任务凑齐15人。然后会再出现一个额外的【拯救海贼】标志，那里有即将被处死的最后一名海贼。利用冲刺暗杀同时杀掉两个守卫，救下最后的海贼。任务完成。
海贼团组建完毕，去岸边找荷尼格德（鬓角男）与隆奇（海洋之灾），荷尼格德让隆奇先去渔村。自己亲自带着爱德华去参加抢劫活动。
接下来是海战教学，以下是总结出来的几点关键：
1.中型以上帆船都有血条分两种颜色：黄色和红色。当生命降到红色的时候，就无法再度起航，只能等着被击沉或者洗劫；
2.船的弹药不需要选择，只与玩家此时选择的视角有关&mdash&mdash侧翼对应加农炮造成较大伤害，船头30度范围内对应是铁锚弹造成很小伤害（夺船时非常有用），船尾部分是丢下火药桶，可以随时用Y键引爆，也有可能被敌舰踩爆；
3.最关键的一点：船真正的输出并不是加农炮或者火药桶，而是&ldquo弱点射击&rdquo，玩家与敌船接近的时候，只要任意攻击击中了对方，就会出现弱点。这种时候，先长按Y键让弱点射击的准星自动瞄准上弱点，再次按下Y键，这种射击比全部加农炮命中伤害还高，而且反应灵敏。
4.船头撞船身也可以造成非常高的伤害，船在瞄准的时候尽量把速度降下来。
行驶的时候，先按下RB键调出望远镜视角，用右摇杆控制视角方向，左摇杆上下可以调整大小。可以看到很远的商船，包括全部商品都能被列出来，然后再按下A键可以把其标记出来，再次按A取消标记。有了标记在海上追捕的时候就不会迷失方向了。
掌握了海战技巧之后，第一个抢劫任务：45桶货物 简直轻而易举，抢到货物后回盐键岛，进行船体的第一次强化。爱德华得到了同伴的认可，成功拿下黑旗，成为了一名海盗。再次出航，这次目标是为了引起西班牙海军的注意，因为隆奇有自己打算。
第二个任务是抢劫70的金属工具，这不是民用船能运输的货，玩家多利用望远镜观察，这种货船一般都是防御力很强的三桅帆船。总之，一般两艘足够了，而且有一点，玩家抢劫完第一艘之后，极有可能被西班牙通缉了，会有赏金猎人的船来袭击你。注意小地图上是不是有两把刀的红点，如果有红点，先不要再去拉别的船的仇恨，把赏金猎人的船先洗劫了（完美达成条件之一），再去抢剩下的货物。把75的金属带回盐键岛。因为此时有通缉在身，出海会很不方便，玩家要去找到地方总督，贿赂其将自身通缉等级降低下来。
之后驾船前往安地列斯岛，与名为詹姆斯.奇德的女海贼聊天。她非常了解爱德华，告诉他附近有一个非常有钱的农场主。爱德华跟着奇德到达市集，开启鹰眼，找到了农场主雇佣的总管。借着路人的掩护，跟踪他发现了他的船只。在他上船后，迅速折回自己的寒鸦号，驾船追踪其到庄园。
海上的追踪比陆地追踪更为简单，只要在出现&ldquo请勿太过靠近目标&rdquo的时候减慢速度就行。路上会经过红色区域，在这个区域航行无论寒鸦号有没有开火都会受到船只的攻击，而且生命值不菲，不用和他们缠斗，可以先放慢速度，待进入红色区域后用A把速度挂至最高档追踪前进，被打了也别还手，否则就暴露目标了。注意左下角的小地图，红点出现的黄色覆盖范围代表他意识到你存在了，但是不会马上拉警报，如果你跟他打起来就会拉警报，周围的船会迅速围过来导致任务失败。海上雾很大，看着追踪的黄点调整方向。
到了庄园所在的岛屿之后，这个岛的植物非常茂盛，完全可以一路躲在草里跟随其前进。然后用鹰眼找出钥匙所在位置，总管会一直移动，在草里吹口哨把他诱骗过来暗杀掉，再利用草堆的掩护前往仓库偷走他的财务。注意这里的掩护并不是一直潜行，海贼当然是要杀人的。完美达成条件：
1.不触发战斗，全部暗杀。
2.破坏掉两个警报。
满载而归后，几人在海边庆祝胜利的同时，隆奇也说出了自己大胆的计划，夺取西班牙战船&ldquo方舟号&rdquo，来加强海贼要塞的防护力度。
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