SEQUENCE 02
WELCOME TO BOSTON
Kenway风尘仆仆来到了波士顿，Charles Lee来接风，一路跟着他走遇到了Benjamin Franklin。Franklin说他遇到了麻烦，他的年鉴被抢了，书页还散的到处都是，希望KENWAY能够帮他收集回来，这也是本作的收集要素之一。Lee会带你熟悉波士顿的生活，有武器店能买武器，骑马跟着Lee来到旅馆见William Johnson，一番交谈过后Kenway与Lee离开旅馆。
JOHNSON’S ERRAND
Johnson让Kenway帮他取回被偷走的文件，来到目的地与Thomas Hickey会合。要取回的目标物品就在前方的据点之中，经过商量，由Kenway从后方突袭，另两人从正面进攻。解决掉一个守卫后从侧面的小坡爬上，在目标地点的枪架上取一把长燧发并瞄准目标开启第一枪，之后Lee与Hickey就会开始与门口的卫兵搏斗。3人一路杀到据点门口，敌人关了门据守在内，射击城门口的炸药轰掉门口，来到城内找到了目标的箱子。接下来由Lee搬着箱子其他两人负责护卫，Kenway不能离两人太远，必须呆在地图所示的篮圈范围内，左上角有两人的生命值。走到终点任务圆满结束。
THE SURGEON
与Lee对话，接下来要去找名单中的下一个人Benjamin Church。来到Church家门前，发现没人应门，Lee破门而入，看到Church家中一片狼藉，事情看似不妙，必须赶快找到Church。首先要收集线索，偷听是重要的手段，来到指定区域就开始了偷听教学。只要走到白色的环内就可开始偷听，两人对话讲到一半便注意到了在旁的Kenway，目标的头上出现了黄色的倒三角，这说明对方开始关注你，这时候根据提示走到左边靠墙的两人中间隐蔽起来，隐蔽的时候主角的头上会出现白色的圆环，说明你已隐藏。
接着爬上附近的最高建筑NEW SOUTH MEETING HOUSE，进行系列经典的鸟瞰，最后当然是最经典信仰之跃了。调查继续进行，接着偷听完几组对话之后，Lee会与你会和并跟随。来到港口，地图所示是红色区域，在这里只要被敌兵看见就会触发警报。
Lee的身手出奇的好，虽然不是刺客但是却会爬墙，带着他从屋顶上走就不会被发现。来到目标门口发现上了锁，Kenway让Lee在门口等着自己去找钥匙。打倒区域内的3个橙色目标并搜索身体，钥匙会在港口其中一个士兵身上。打开门锁，Church正在被拷问，解决房内的3个士兵救出Church。
THE SOLDIER
为了拉John Pitcairn入伙，Kenway找到其上司Braddock，然而Braddock说什么也不让，所以Kenway打算用计迫使Braddock交人。首先我们需要跟踪Braddock一行人，Braddock与他的士兵会在室内巡逻，而Kenway与Lee打算跟着他们。跟的太紧会让Braddock回头，如果这时候被看到，Braddock的头上会亮起黄色倒三角之后变成红色倒三角，最后触发警报。
所以玩家要利用好人群作为掩护，如果能上到房顶也会比较安逸。随着Kenway一声令下，Lee跑到队伍前端，抓起牛粪砸到了Braddock身上，Braddock怒不可遏开始追赶Lee，Kenway也跟着一起追过去。Lee最终还是被Braddock抓到，Kenway上前继续找Braddock说理，然而两人最终还是没谈拢，Braddock拔刀相向，战斗不可避免了。解决掉Braddock小队，在袖剑的威逼下Braddock只能放人。
INFILTRATING SOUTHGATE
人员找齐，接下来就要开始干活了，众人密谋攻占Silas Thatcher的堡垒。第一步计划是袭击一个押送slave囚车的小队，并换上敌人的衣服。在这里Kenway遇到一个印第安女性，也就是Connor的母亲。换上衣服架着敌人的马车一路前进，途中需要用LB呼唤伙伴干掉路上的卫兵。顺利进入堡垒，马上开始第二步计划—释放被囚禁slave。堡垒中一共有3个地方的slave需要释放，在红衫的掩护下，普通的士兵不会注意到你，你还可以混到士兵之中进行隐蔽，但是有一些队长级别的士兵会注意到你不是部队里的人，这些队长通常会在slave旁边巡逻，对我们的行动会造成很大的影响必须在不被发现的情况下解决掉。好在slave点附近都有隐藏点和草垛，那是我们进行暗杀的好地方。
释放了所有的slave，接下来就是计划的第三阶段，攻占整个堡垒。敌人从现在开始就会进行列阵射击了，如果看到敌人头上出现巨大的黄色三角，那就说明敌人已经在瞄准了，找到身边离你最近的敌人按下A，这时候主角就能把敌人架在前方抵挡这一轮射击。找到并打倒Thatcher，最后Thatcher被处死。
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