隐形守护者最后的结局是游戏剧情的集中体现，一条是扶桑安魂线，一条是至暗选择线，游戏也从这里展开了几条完全不同的路。
扶桑安魂曲
主角接受了武藤领事的建议，刺杀了浅野。之后以日本军人龟田太郎的身份返回了日本，却碰巧被纯子认出，为了不让别人发现自己的身份，只好杀死纯子，隐居起来，最终死在了日后美军的轰炸中。
丛林法则
主角在和浅野前往南京的途中刺杀了浅野。在列车上，主人公成功向组织的人传递出撤退信号，自己趁乱下车后被一个叫高源的自称是农夫的第二号的下线接回了上海，自己也从此称为了他的下线。
美丽世界
回到重庆的主人公在忍辱负重和贪污腐败下在短短七个月的时间里就身居高位，并在一场民众抗议中发现自己的青梅竹马方敏也在其中，但这次他没有再心慈手软，而是将方敏诬陷为女汉奸，眼睁睁地看着她被枪毙。就当他以为自己的新生活就要正式开始的时候，自己的老上司银狐却在自己不注意的时候毒死了自己，而银狐本人也死在了冷枪之下。
丧钟为谁而鸣
主人公决心带方敏逃跑，他联系了黑帮去接应他，却不料就在快要逃跑成功的时候被自己的上司银狐追上，随后主人公为了让方敏离开，自己一个人面对前来抓捕的官兵，光荣战死在这条线中。主人公并没有一而再再而三地沉沦下去，而是在方敏出现以后因为个人感情决定重新面对过去的自己，面对过去的信念。
红色芳华
在之前的那列火车上，主人公并没有趁乱下车，而是为了庄晓曼留了下来，两个人成功刺杀浅野以后跳车逃走。后来主人公回到了上海，接受一个名为高源的上线领导，重新受到了武藤领事的信任，却被武藤以保护和寻找后路的理由调离了武藤公馆。不料在这时自己却被一个叫冯一贤的汉奸盯上了，冯一贤企图堵死武藤领事的后路，正当主人公死里逃生去联系高源的时候，高源却在这个关键时刻反水，亮出了自己军统的真实身份，主人公在阻止高源返回重庆的时候，被高源的子弹贯穿了头颅。
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