主人公是东亚霸者之证的继承人，由于拥有霸者之证的线索以致全家被杀害，一个人抱着块木板在海上漂流，被林所救，因佩服他的意志而加入，故事开始了。
先在附近的马尼拉寄港，给林看金铜的布钱，出港时曼努埃尔加入。到东亚，在京城和李朝水师结盟对付来岛家，并知道了害死全家的是自己的叔父和来岛，决心为父母报仇，向来岛宣战。势力第一时得知泉州酒馆有人找，在泉州，一个奇怪的老人给我去杭州遗迹紫禁城的钥匙，在紫禁城得到唐代竹艺品。打败来岛后在大阪的船厂可以装二层装甲。这时带着行久到长崎发生剧情，叔父被火烧死。去京城得竹艺品的组合说明书，得到科以伦的竹地图，找到东亚的霸者之证殷代方形鼎。
去东南亚，码头的小伙子告诉我雅加达同业工会找我。在雅加达见到塞西莉亚，她委托我找她的父母并加入，得到太阳圆纹的刀鞘。在马六甲，酒馆收到弗里奥，普雷依拉要求我交一笔钱给他，拒付，不久他即向我宣战。码头的小伙子让我去吉阿丁的遗迹看看，得到古代王国钱币。打败普雷依拉后在海上遇到海盗袭击，打败他后寄港，去酒馆得知海盗是库恩雇来的，与库恩宣战。打败他后在雅加达得装有乳液的壶，得毕阿斯的货币地图。
去印度洋，安曼出港时收格尔哈特，得到谢尔的消息。在马斯利巴丹酒馆与纳哥普尔交战，打败他后在卡利亥特得到贵霜朝的大盘。在马斯咯特，伍丁给我莫阿丁的天文观测仪，条件是对付东非的埃斯皮诺沙。在地中海的亚历山大酒馆得知谢尔在遗迹金字塔里，去遗迹找到谢尔，回到印度洋，码头的小伙子让我去卡利亥特遗迹，来回跑几次卡利亥特和巴斯拉的遗迹，得到不枯萎的莲叶，得梭伦的叶地图，找到霸者之证萨尔贡的头像。
去非洲，在摩加迪休酒馆得知埃斯皮诺沙无恶不作，决心除掉他。索法拉进港与埃斯皮诺沙发生冲突，酒馆他派人冒充伍丁对我下药，向他宣战。打败他后在索法拉得到神秘石板上半部。开普敦寄港得知霸者之证线索在索法拉遗迹，在遗迹中得到神秘石板下半部（这里有个小游戏，先让两个老人过河，一个老人回来，林过去，老人回来，两老人过去，一个老人回来，我过去，老人回来，两个老人过去）。得贝利安德罗的石地图，找到霸者之证羊头狮身像。
希拉雷奥涅出港时弗里奥想起他在休达的酒馆听到过塞西莉亚的母亲的消息。到休达的酒馆得到纸条让我们第二天再去，在旅馆休息一天后去酒馆得知塞西莉亚之母在里斯本。到里斯本母女重逢，得知塞西莉亚的父亲在新大陆，决定去新大陆找他。把得到的霸者之证交给塞西莉亚的母亲研究，我们去新大陆。
在委拉克路斯听埃斯康特和林说起蒂雅，到马拉开波遇到蒂雅，去波多韦罗蒂雅告诉我塞西莉亚之父的消息，并让我和她同盟对付埃斯康特，我同意了。向埃斯康特宣战，打败他后在波多韦罗遇到塞西莉亚的父亲，蒂雅邀请我们参加第二天的祭祀。去旅馆塞父告诉我霸者之证的秘密在波多韦罗的遗迹中，出来参加祭祀得知王族舞步的跳法，去遗迹得到典礼用的小刀，得比塔科史的刀刃地图，找到霸者之证契慕的斧头。
回地中海，在里斯本阿博科鲁克家的别墅，得知交给塞母的霸者之证让巴鲁迪斯抢走了，决定向巴鲁迪斯宣战。打败他后在塞尔维亚夺回被抢走的霸者之证，并得到黄铜制煤油灯。在亚历山大的遗迹得到画有图案的布，得库雷欧布罗的布地图，找到霸者之证阿葛曼侬的面具。
去北海，在南特酒馆得知霸者之证线索，到伦敦王宫听说英国王室决定将与克利福德相恋的公主克丽雅嫁给法国贵族，并有传言说英国会派人冒充西班牙人杀死克丽雅公主，以挑起法国和西班牙的战争。在南特附近帮克利福德打败冒充西班牙舰队的英国舰队，救出克丽雅公主，克利福德为感谢我送给我老旧的羊皮纸。势力第一后伦敦码头的小伙子告诉我霸者之证的线索在汉堡教堂，在教堂得到红色的染料（这里有个玩木偶的游戏，只要把女玩偶逼到四个死角即可）。得到泰勒斯的纸地图，找到霸者之证哈尔舒塔的供品车。
找齐霸者之证后去任何一个港口的酒馆里，决定先送塞西莉亚回父母身边，在里斯本出港时得知他们在塞尔维亚，去塞尔维亚即可看到结局画面。
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