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1．在ウツギ博士处得到口袋妖怪。
2．从ヨシノクウン中的大叔处得到卵，并交给ウツギ博士。
3．在キキョウシティ打倒ジムリ-ダ-。之后进入口袋妖怪中心并得到卵。
4．在ツボミ的塔得到秘传机器5：フラツシュ。
5．っながりの洞窟的冒险。
6．在ヒワダタウン见到ガンテツ。之后去ヤドン井户打倒ロケツト团。打倒ジムリ-ダ-。
7．在ウバノの森追逐カモネギ，引诱到木炭职人的地方。得到秘传机器1：あいぎり
8．在コガネシテイ的ラジオ局中得到ラジオカ-ド，打倒ジムリ-ダ-。之后在民家得到ゼニガメのじょうろ。从北ロゲ-ト离开城。
9．对とおせんぼの木使用じようろ。
10．在エンジュシテイ进入口袋妖怪中心会见マサキ，可以使用タイムマシン（时间机器）了。打倒舞场中的所有まいこはん并得到秘传机器3：なみのり。
11．在アサギタウン的民家中得到秘传机器4：かいりき，前往烟台
12．在タンバシテ药屋中拿到クスリ。打倒ジムリ-ダ-。从外面人的手中得到秘传机器2：
そらをとぶを入手。
13．去アサギ之灯台。打倒ジムケ-ダ-。
14．从エンジュ到チョウジ去。
15．去チョウジチタウン。打倒怒の湖中央的ギャラドス并在土户屋中得到秘传机器6：うずしお。并打倒ジムリ-ダ-。
16．回到コガネタウンラジオ塔。得到地下的钥匙进入地下通道。
17．回到到チョウジチタウン，在冰の拔け道中得到秘传机器7：たきのばり。
18．在フスベシテイ打倒ジムリ-ダ-。进入りゅうのほこら。
19．回到ワカバタウン会见ツギ博士。
20．进行ト-ジョウの瀑布流程，去チャンピオンロード。
21．进入セキエイ高原。打倒四天王。
22．从ウツギ博士入得到チケツト，乘上アクア号。
23．在クチバティ的口袋妖怪俱乐部中得到人偶后，把它交给在ヤマブキテイ的女孩并得到定期船票。
24．回到コガネシテト·ラジォ局得到扩张卡，将ラジオ（步话机）的频率变为20叫醒カビゴン。
25．去发电话，打开电源，开动电车
26．（1）打倒クチバシテトジムリ-ダ-。以后就无须按顺序打倒ジムリ-ダ-了。（2）在ヤマブキシテイ打倒ジムリー-ダ-。（3）在タマシシテイ打倒ジムリ-ダ-。（4）到ハナダシテイ的ジム去。之后去みさき的小屋。从ハナダシム中的水中得到机械的部件，打倒ジムリ-ダ-。（5）在セキチクシテイ打倒ジムリ-ダ-。（6）去ニビシテイ。从老爷爷处得にじいろのハネ。打倒ジムリ-ダ-。（7）在グレンタウン会见グリ-ン，之后在ふたごじま打倒カツラ。（8）在トキワシテイジムリ-ダ-。（9）在タムシシティ打倒ジムリ-ダ-。
27．拜访-キド博士。
28．去チヤンピォンロ-ド。
29．去シロガネ山，打倒レツド。
通关之后和《口袋妖怪1》一样可以进入隐藏的迷宫获得最后最强的怪物，而真正的战斗，这时可以说财刚刚开始。
全妖怪战斗时各项能力解说
HP——就是Hit Pont，当它变为0后，口袋妖怪就失去了战斗的气力。
攻击（こうげき）——就是攻击力，普通、格斗、毒、地面、飞行、虫、岩、钢等类型的技的伤害由此数值决定。
防守（ぼうきよ）——对于攻击的防御，是受到上述攻击时，可使伤害减少的能力值。
特攻（とくこう）——特殊攻击力、火、水、电、草、冰、超人、鬼、邪恶、龙等型的技的伤害由此数值决定。
特防（とくぼう）——对于特殊的防守，可减少以上攻击的伤害。
速度（すばやさ）——在战斗中很重要，此值大就可取得先手，同等时是互相攻击。
个体美
不同的口袋妖怪有能力值的差别，如果想培养强大的妖怪，就应尽量选择能力值高的妖怪来养成。培养的过程中应通过战斗来确定此妖怪是否具有想象中的实力。
性别
这回加入了性别因素，对于养成怪物来说是一个好消息。其实决定性别的是“攻击”固有值，在普通的口袋妖怪之中，攻击固有值是0～7时为雌性，8～15时为雄性。另外，罕见妖怪（只可得一只或出现率极低）不在此限制之内。
全妖怪攻防属性相性表
接受攻击的怪兽的属性
攻
击 技 的
属
性
普
火
水
电
植物
冰
格斗
毒
地面
飞行
超人
虫
岩石
鬼
龙
钢铁
邪恶
普
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×
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火
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水
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